Пољопривредним Задружним савезом Републике Српске управљају чланице Савеза преко својих представника изабраних у органе и стална радна тијела Савеза. Органе Савеза представљају Скупштина, Управни одбор, Надзорни одбор и Предсједник Савеза.
Скупштина је највиши орган управљања у Савезу. Тренутни сазив Скупштине представља 60. задруга - чланица Савеза. У управљању Савезом чланице имају једнако право гласа (једна чланица - један глас). Предсједник Скупштине је Мићо Живић из ПЗ Повртларство Бијељина, а замјеник предсједника Скупштине је Нада Марковић из ОПЗ Жена Братунац.
Управни одбор је извршни орган Скупштине Савеза и чини га 7 (седам) чланова који се бирају из реда задругара из чланица Савеза. Управни одбор одлучује о свим питањима која нису у надлежности Скупштине. Чланови Управног одбора су: Бранислав Поповић из ПЗ Крајинамед Бања Лука, Нада Нешковић-Раилић из ПЗ Агројапра Нови Град, Здравка Калајџић из ПЗ Градишка Градишка, Симо Новаковић из ПЗ Скугрићанка Модрича, Зоран Симић из ПЗ Агропромет Зворник, Светлана Вуковић из ОПЖЗ Креативна визија Рудо и Миљан Велетић из ПЗ Гвозно Калиновик.
Надзорни одбор је орган Савеза путем којег чланице Савеза надзиру рад свих органа и Стручне службе Савеза. Надзорни одбор има 3 (три) члана и за чланове одбора бирају се стручни радници из чланица Савеза. Чланови Надзорног одбора су Југослав Бијелић из ПЗ Ратково Рибник, Горан Зељковић из ППЗ Матица Бања Лука и Светлана Рашевић-Сарић из Женске задруге Бијељина.
Предсједник Савеза представља Савез, руководи пословањем Савеза и радом Стручне службе Савеза, води бригу о законитости рада Савеза. Предсједник Савеза је Рајко Кулага из ПЗ Агропосавина фарм Дервента.
При Савезу дјелују стална радна тијела: Суд части, Задружна арбитража и Савјет за унапређење пољопривредног задругарства. Управни одбор може образовати своја повремена радна тијела - одборе, комисије, делегације, радне групе и другa тијела. Одлуком о образовању повремених радних тијела одређује се њихов дјелокруг рада и састав.